南京市社会科学院于1997年1月成立，是市政府直属正局级事业单位，与市社科联合署办公。目前社科院下设四个研究所：经济发展研究所、社会发展研究所、文化发展研究所、城市发展研究所。南京市民意调查中心日常办公机构也设在社科院。社科院还与有关单位联合成立有中国（南京）城市发展战略研究院、江苏省文化建设研究重点基地、南京人才发展战略研究中心、南京历史文化研究中心、河西新城发展研究院、国际和平研究所、非物质文化遗产研究所、教育科学研究所、人口发展研究中心、栖霞社会管理创新研究中心等研究机构。2011年4月，南京市社会科学院与河海大学签约，合作培养研究生，这是南京市社科院作为河海大学在国内外建立的第一个文科硕士、博士研究生培养基地。2011年6月，南京市社科院与上海国际问题研究院共同发起成立了“长三角国际经济文化研究中心”。
    市社科院主要从事当代马克思主义理论及经济社会文化发展中的重大课题研究，组织各种学术活动与开展对外学术交流，向市委、市政府报送研究成果和对策性建议。长期以来，市社科院以邓小平理论和“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，紧密围绕市委、市政府的中心工作，较好地发挥了学术团体和研究机构知识密集、联系广泛和研究人员专兼结合的优势，认真履行哲学社会科学认识世界、传承文明、创新理论、咨政育人、服务社会的职责。
社科院成立以来，坚持开门办院，以科研立院、人才兴院、管理强院为抓手，立足南京、服务江苏、围绕中心、面向实际，努力催生了500多项社科研究成果，为党和政府决策提供了富有成效的理论支持和咨询服务，积极发挥了城市社科院社会科学新智库的功能，多次被评为“全国优秀城市社科院”。
    现任社科院领导：院 长：叶南客
    副院长：王道德 陈如 李程骅